„Kościół na Pustyni” to druga część filmu „Śmierć w Winnicy Pańskiej”, gdzie Chrystus prowadzi swój kościół posłuszny Jego przykazaniom. Zgodnie ze świadectwem Nowego Testamentu w chrześcijaństwie funkcjonują dwa kościoły (dwie „niewiasty”) – jeden reprezentuje potężną religio-polityczną instytucję, a drugi chrześcijan, którzy muszą uciekać „na pustynię”, aby chronić czystość wiary Zbawiciela. Ten pierwszy jest bytem, który pojawił się wraz z narodzinami papiestwa w IV wieku, wykorzystującego dla swoich celów włądzę państwową, a drugi Oblubienicą Chrystusa, której najcenniejszym skarbem jest Jego Słowo. Prześladowana niewiasta ukrywa się w górach, dolinach, na krańcach europejskiego kontynentu, a nawet dociera na daleki wschód – do Indii i Chin. Gdy w 1503 r. przypływają do Indii Portugalczycy, spotkają tam garstkę chrześcijan, którzy nigdy nie słyszeli o papieżu, zachowywali wiarę apostołów i święcili biblijny Sabat. Historia pokazuje, że romanizm tryumfuje wszędzie tam, gdzie fundamentem wiary nie jest Pismo Święte a Chrystus głową Kościoła (Ef 1,22; 4,15; 5,23; Kol 1,18) lecz autorytet rzymskiego biskupa, siebie nazywającego „głową Kościoła”.